头疼做ct还是核磁共振，需要看具体情况。如果是外伤引起的疼痛，做ct效果可能会更好，时间大概要2-3分钟。如果是炎症、缺血、肿瘤导致的头疼，可能做核磁共振的效果更好，时间在20-30分钟左右。

相对来说，ct更加快捷，可以快速除外一些重大疾病，包括严重头外伤、严重脑出血、大面积脑梗塞、严重脑肿瘤等等。所以在紧急的情况下，首先考虑做ct更加合适。而核磁共振由于做的时间比较长，会受到一定的限制。