导致肩胛骨缝疼的常见原因是肩胛骨内侧肌肉的筋膜炎，肌肉是很容易出现疼痛的，过度使用肩关节、长时间伏案工作或者坐姿不正确，或者长时间吹风着凉，都容易导致肌肉出现劳损性、无菌性的炎症，也就是肌肉的筋膜炎。

肩胛骨缝疼的少见原因是出现了脊柱的骨折转移瘤或者原发肿瘤，肩胛骨内侧有弹力纤维瘤、软组织肿瘤，都可能导致疼痛。这种情况下需要及时到医院就诊，通过拍片子来明确诊断。